每种自然资源都有两重身份（也是其社会属性和自然属性的外在体现），一重是“生产要素”的身份，一重是“生态要素”（或环境要素）的身份。当前，自然资源的“生产要素”和“生态要素”二者关系如何处理，如何充分发挥两者的作用，是目前生态文明建设与体制改革面临的最主要问题，也是自然资源“开发”和“保护”的矛盾。
在生态文明建设中，自然资源资产管理体制改革是先导性改革。从党的十九大定的方针来看，“开发”是在“节约和保护优先”的前提下“开发”，与之前的“在开发中保护，在保护中开发”相比有了更强的先决条件，并且要求从“空间格局、产业结构、生产方式、生活方式”上加以落实，全面改革以前的自然资源开发利用形势。
怎样认识资源利用制度和配置制度之间的关系
从管理体制上看，自然资源“生产要素”的发挥是矛盾产生的主因，处理好自然资源“生产要素”的作用和功能发挥，才能从根本上解决“开发”和“保护”的矛盾。作为“生产要素”就涉及资源配置过程和资源利用过程，这两个过程依托在自然资源这一物质之上，但可以分离运行、相辅相成，共同成就自然资源的最有效地利用。
资源利用过程形成了利用制度，配置过程形成了配置制度；利用制度（实现利用价值）是配置制度的前提和基础，配置制度是促进利用制度优化的手段和形式，两种制度相互依存、互为条件。就像耕地可以通过“所有权、承包权和经营权”三权分置那样，实现耕地的集约化、规模化利用。
之所以把自然资源管理分成两大制度，是为了更好地明确制度设计的目标和内容，使自然资源管理制度设计更为完善，使资源产权流转和资源利用行驶在法治轨道上。
资源利用与配置制度分别采用不同的管理形式
资源配置制度主要采用市场方式，实行合同制管理；而资源利用方式管理主要是行政管理方式，实行许可制管理；自然资源管理分别实行这两种管理形式是必要的。以矿业权管理为例，目前我国矿业权基于行政许可授予而获得，使得矿业权成为一个行政管理色彩很浓的资源开发使用权，造成其财产属性和市场流转的本质特征会受到限制。由于当前的物权许可已不适应市场的需要，既不利于自然资源资产产权市场的开放，也不利于政府对自然资源资产开发秩序的把控。2017年7月最高人民法院发布《关于审理矿业权纠纷案件适用法律若干问题的解释》，正是要通过解决合同成立和合同生效的法律责任问题，突出矿业权的物权属性，适当分离矿业权的财产属性和行政许可属性，消除阻碍矿业权流转的不合理因素，依法保护矿业权流转，维护市场秩序和交易安全。
另外，从国外自然资源管理制度来看，自然资源的物权是通过契约的方式确定的，不管是申请取得、竞争取得还是协议取得都通过契约，而且这个契约是政府民事契约，不是政府行政契约，同时，政府对其开发利用行为进行许可。这种管理制度值得借鉴。
我国自然资源资产管理体制改革理论分析
目前，我国设立国有自然资源资产管理机构，“统一行使全民所有自然资源资产所有者职责”和“统一行使所有国土空间用途管制和生态保护修复职责”两个新设职责，这是自然资源资产管理体制改革的关键。
“统一行使全民所有自然资源资产所有者职责”，将现在不同类的自然资源统一管理，实现“山水林田湖草”的统一管理。但全民所有自然资源资产所有者职责不同于国有经营性资产所有者的职责，不能像国资委代表国家履行出资人职责。全民所有自然资源资产绝大部分不能像国有经营性资产那样，以资产股份形式进入企业，而是以让渡使用权的方式，取得所有者收益，同时还要监管企业对资产的使用情况。
“统一行使全民所有自然资源资产所有者职责”和“统一行使所有国土空间用途管制和生态保护修复职责”分开，“所有者职责”应管理资源资产的权属和资源资产的利用，即配置制度和利用制度应由一个机构来管理（集体所有土地除外）。而“国土空间用途管制和生态保护修复职责”核心是国土空间规划，将围绕国土空间规划实行用途管制，并以此开展生态修复。这里的监管机构应以国土空间规划为基础，对所有者职责的配置制度和利用制度实施过程和结果，实行用途监管和责任追究
